黑鸡苗疫病防控是养殖成功的关键环节。疫苗接种是预防疫病的重要手段，1 日龄接种马立克氏疫苗，7 日龄进行新城疫 - 传染性 - 禽流感（H9 亚型）三联苗滴鼻点眼，14 日龄接种法氏囊疫苗，21 日龄再次接种新城疫疫苗。
养殖环境的卫生不容忽视，定期对鸡舍、用具等进行，可采用喷雾、熏蒸等方式。每周至少进行 1 - 2 次带鸡，选用刺激性小的剂，既能杀灭病菌又不影响鸡苗健康。严格控制人员和车辆进出养殖区域，防止病菌带入。日常管理中，密切观察黑鸡苗的健康状况，一旦发现异常，及时诊断。合理调整饲料配方，保证营养均衡，提高鸡苗的，增强其对疫病的抵抗力。